Ra đời trong một giai đoạn lịch sử kháng chiến chống Mỹ hào hùng của dân tộc, năm 1965, Công ty cổ phần Cảng Thanh Hóa được thành lập tiền thân là Công ty xếp dỡ Thanh Hóa với nhiệm phục vụ vận chuyển hàng hóa tiền tuyến miền Nam.

Năm 1979, UBND tỉnh Thanh Hóa có Quyết định Công ty xếp dỡ Thanh Hóa được chuyển thành Cảng sông biển Thanh Hóa. Năm 1992, UBND tỉnh Thanh Hóa có Quyết định thành lập Doanh nghiệp Nhà nước cảng Thanh Hóa. Năm 2002, UBND tỉnh Thanh Hóa quyết định giao Cảng Thanh Hóa quản lý, khai thác Cảng Nghi Sơn Thanh Hóa. Năm 2003, Giám đốc Cảng Thanh Hóa có Quyết định về việc thành lập Xí nghiệp Cảng Nghi Sơn trực thuộc Cảng Thanh Hóa. Theo đó Doanh nghiệp Nhà nước cảng Thanh Hóa bao gồm hai xí nghiệp trực thuộc là xí nghiệp cảng Lễ Môn và xí nghiệp cảng Nghi Sơn.

Đáp ứng yêu cầu phát triển nhằm nâng cao hiệu quả sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp Nhà nước, ngày 16 tháng 12 năm 2005 Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa có Quyết định số 3907/QĐ – UBND chuyển đổi mô hình từ doanh nghiệp Nhà nước Cảng Thanh Hóa thành Công ty TNHH một thành viên Cảng Thanh Hóa bao gồm hai đơn vị trực thuộc là Cảng Nghi Sơn và Cảng Lễ Môn.

Năm 2009, Công ty đã bàn giao Xí nghiệp Cảng Nghi Sơn cho Tập đoàn Dầu khí quốc gia Việt Nam theo Quyết định số 3821/QĐ – UBND ngày 26 tháng 10 năm 2009 của Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa. Sau khi bàn giao cảng Nghi Sơn, Công ty TNHH một thành viên Cảng Thanh Hóa tập trung ổn định phát triển công ty, quản lý khai thác cảng Lễ Môn ngày một hiệu quả, đã và đang tích cực góp phần vào sự phát triển chung của kinh tế khu vực, đặc biệt là trực tiếp phục vụ cho sự nghiệp phát triển của Thành phố Thanh Hóa và các vùng phụ cận.

Trải qua một quá trình phát triển mạnh mẽ nhằm nâng cao hiệu quả sản xuất kinh doanh, năm 2013, Cảng Thanh Hóa đã chuyển đổi mô hình doanh nghiệp Nhà nước thành công ty cổ phần với vốn điều lệ 41 tỷ đồng.

Cảng Thanh Hóa tiến tới mục tiêu triển khai toàn diện các dịch vụ cảng chất lượng tốt tại khu vực, giúp các doanh nghiệp khai thác tối trong việc phát triển kinh doanh. Cảng Thanh Hóa ngày càng khẳng định được năng lực dịch vụ và vị thế cạnh tranh trên bản đồ hàng hải Việt Nam.